Rumah Sakit Umum Daerah Mokopido Tolitoli dibangun diatas tanah seluas 42.350 meter persegi pembangunannya dilakukan secara bertahap dari tahun 1983 sampai tahun 1990 dengan memanfaatkan dana bantuan ”LOAD AGRREMENT NO 2235 IND” Tertanggal 18 Februari 1983 antara pemerintah RI dengan IBRD, sebelumnya RSUD Mokopido Tolitoli terletak di jalan Kapten Tendean yang letaknya sangat sempit sehingga RSUD Mokopido Tolitoli dibangun ditempat yang sekarang. Pada tanggal 17 Desember 1990 gedung RSUD Mokopido Tolitoli diresmikan secara simbolis oleh Bapak Presiden Soeharto, pada saat diresmikan, status RSUD Mokopido Tolitoli adalah tipe D dengan kapasitas 5 tempat tidur.

Pada tahun 1993 dilakukan persiapan menaikan kelas rawat inap dengan membagii tugas pelayanan perawatan menjadi pelayanan empat keahlian dasar yaitu Bedah,penyakit dalam, OBGYN, dan penyakit anak dengan melatih 4 orang dokter umum untuk melaksanakan kegiatan pelayanan tersebut.

Pada tahun 1994 ditempatkan dokter spesialis bedah (dr.Abdul Hannan), Tahun 1995 dilakukan kerjasama dengan Universitas Hasanuddin untuk menempatkan dokter PPDS di RSUD.

Mokopido Tolitoli sehingga sejak bulan Juli 1995 RSUD Mokopido Tolitoli sudah dapat melaksanakan pelayanan 4 (empat) keahlian dasar oleh dokter spesialis dari PPDS.

Tahun 1997 RSUD Mokopido Tolitoli diusulkan naik kelas menjadi tipe C, namun belum sempat terbit surat keputusan kenaikan kelas pada bulan Mei 1998 terjadi perobahan politik di tanah air ( reformasi ) sehingga kenaikan kelas RSUD Mokopido Tolitoli tertunda,tahun 1998 kerjasama dengan Universitas Hasanuddin terhenti sehingga terjadi kekosongan dokter spesialis.

Pada tahun 1999 ditempatkan dokter OBGYN dan Ginekologi, tahun 2000 ditempatkan dokter spesialis Bedah,tahun 2001 ditempatkan spesialis penyakit dalam, tahun 2002 ditempatkan spesialis Anak.

Berdasarkan Surat Keputusan Bupati Tolitoli no.13 tahun 2002 tanggal 9 Maret 2002 RSUD Mokopido Tolitoli menjadi Badan Pelayanan Kesehatan RSUD Mokopido Tolitoli (Eselon II B), pada tahun 2004 Badan Pelayanan Kesehatan RSUD Mokopido Tolitoli naik kelas dari type D menjadi type C berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan RI,pada tanggal 03 Februari 2006 Badan Pelayanan Kesehatan RSUD Mokopido Tolitoli mendapat Akreditasi penuh tingkat dasar. Pada tanggal 04 Januari 2007, Badan Pelayanan Kesehatan RSUD Mokopido Tolitoli,berubah skruktur menjasdi ”RSUD MOKOPIDO TOLITOLI” berdasarkan peraturan daerah ( perda ) Kabupaten Tolitoli No.20 tahun 2006.

RSUD Mokopido telah ditetapkan sebagai Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) Berdasarkan Keputusan Bupati No.80.A Tahun 2014 tanggal 20 Februari 2014 tentang penetapan status pola pengelolaan keuangan BLUD RSUD Mokopido Tolitoli telah ditetapkan dengan status penuh. Penetapan sebagai BLUD bertujuan untuk menerapkan Aturan-aturan dalam Pemendakri No.61 Tahun 2007. Penetapan status BLUD bertujuan untuk menunjukan pelayanan kesehatan kepada masyarakat.BLUD RSUD Mokopido Tolitoli diberikan fleksibility Pengelolaan keuangan dan menjalankan praktek bisnis sehat.

Sejak berdirinya RSUD Mokopido Tolitoli telah mengalami pergantian pimpinan sebanyak 6 (Lima) kali yaitu :

• dr. Abdul Hamid Noersaman dari tahun 1988 s/d 1993
• dr. Hi. Mansyur dari tahun 1993 s/d 2008
• dr. Hj. Herlina dari tahun 2008 s/d 2012
• dr. Abdul Kadir Hi.Tahir,Sp.PD dari tahun 2012 s/d 2015
• dr.I Gusti Lanang.N.Arimbawa,MM tahun 2015
• dr. Hi. Danial.MM dari tahun 2016 s/d juni 2021
• dr. Hayyatunnufus, Sp.N dari juli 2021 s/d juni 2023
• dr. Abdul Kadir Hi.Tahir,Sp.PD dari tahun 2023 s/d sekarang